A localidade de Quatro Pontes surgiu na década de 50, através da colonização organizada por uma empresa industrial madeireira. A previsão de estabelecimento de núcleos urbanos, estrategicamente localizados dentro da gleba, concretizou-se e resultou em localidades como a cidade de Quatro Pontes.

A partir de 1951, começaram a se estabelecer os primeiros colonos vindos do Rio Grande do Sul e Santa Catarina. Quatro Pontes era então uma vila com um armazém de provisões gerais para atender as necessidades da população, a igreja, a escola e algumas casas. A maioria dos colonos estava estabelecida na área rural.

A extração da madeira foi uma das primeiras atividades comerciais importantes, que permeou a ocupação da região e favoreceu o surgimento de indústria de beneficiamento de madeira, fomentando o comércio e atraindo habitantes de áreas adjacentes. Esse polo viabilizou o surgimento do município de Quatro Pontes.

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Distrito criado com a denominação de Quatro Pontes, pela Lei Municipal n.º 17, de 06-07-1953, e anexado ao município de Toledo.

Em divisão territorial datada de 01-07-1955, o distrito de Quatro Pontes figura no município de Toledo.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 01-07-1960.

Pela Lei Estadual n.º 4.245, de 25-07-1960, o distrito de Quatro Pontes foi transferido do município de Toledo, para constituir o novo município de Marechal Cândido Rondon.

Em divisão territorial datada de 31-12-1963, o distrito Quatro Pontes figura no município Marechal Cândido Rondon.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.

Elevado à categoria de município com a denominação de Quatro Pontes, pela Lei Estadual n.º 9.368, de 13-09-1990, desmembrado do município de Marechal Cândido Rondon. Sede no antigo distrito de Quatro Pontes. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.

Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.